Срок эксплуатации водозаборных скважин зависит от применяемого метода их освоения и химического состава подземных вод, влияющего на время службы обсадных колонн, фильтра и водоподъемника. Среднее время эксплуатации водозаборной скважины составляет 20—30 лет. При добыче химически агрессивных вод стальные элементы конструкции скважины подвергаются быстрой коррозии и время нормальной эксплуатации сокращается до нескольких лет, В этом случае желательно применять обсадные трубы и фильтры из неметаллических или антикоррозионных металлических материалов.
В процессе эксплуатации периодически проверяют техническое состояние скважины и водоподъемного оборудования. На неисправность работы скважины указывают изменение качества воды, уменьшение дебита, понижение статического и динамического уровней жидкости. Один из часто встречающихся видов неудовлетворительной работы - некачественное цементирование обсадных колонн. В результате возникают перетоки подземных вод.
В эксплуатируемый пласт могут попасть загрязненные грунтовые воды, что приводит к снижению качества добываемой воды. Неудовлетворительное состояние фильтровой части скважины связано с накоплением на фильтре отложений, заиливанием гравийной обсыпки или ее размывом. Обсадные трубы под действием воды также покрываются отложениями и продуктами коррозии.
Для восстановления дебита и качества воды скважину ремонтируют. Трубы чистят скребками и металлическими щетками. Изношенные обсадные трубы заменяют, если они не зацементированы, или перекрывают новой колонной, которую цементируют от башмака до устья. Для надежного цементирования старую колонну простреливают.
Для восстановления производительности водозаборных скважин широко используют импульсные методы воздействия на фильтр и призабойную зону. Из этих методов предпочтительнее электро- и пневмовзрыв, хороший эффект дает кислотная обработка фильтра. Старый пришедший в негодность фильтр извлекают труболовкой сприменением талевой системы, гидродомкратов или вибраторов. Если не удается извлечь фильтр, его разрушают торпедированием или разбуривают. Затем водоносный пласт перебуривают и устанавливают новый фильтр.